Мы решаем медицинские задачи с помощью работающих аптамеров
Отбор аптамеров, характеризация, моделирование 3D-структуры и идентификация мишени
Мы проведём математический анализ ваших аптамеров — просто нажмите кнопку
НЕОБХОДИМ МАТЕМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
ДЛЯ ВЫБОРА АПТАМЕРОВ, СОДЕРЖАЩИХ G-КВАДРУПЛЕКС, ИЛИ ОПРЕДЕЛЕНИЯ НАИБОЛЕЕ ВЕРОЯТНОГО АКТИВНОГО ЦЕНТРА АПТАМЕРА
Если вас интересует наличие G-квадруплекса или нуклеотидная последовательность наиболее вероятного активного центра аптамера, мы также можем определить это с помощью математического анализа. Такой анализ аптамера позволяет выбрать функциональную часть, чтобы при синтезе «отсечь» всё лишнее.
ОТСЛЕЖИВАНИЕ ОБОГАЩЕНИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ПО РАУНДАМ
Если вас интересует, как происходило обогащение последовательностей аптамеров от первого до последнего раунда, вы можете выполнить секвенирование и математический анализ всех раундов отбора. Это даст более полную информацию о потенциальной специфичности отобранных аптамеров к мишени.
ДЛЯ ВЫБОРА АПТАМЕРОВ ИЗ БОЛЬШОГО МАССИВА ДАННЫХ
После применения технологии секвенирования нового поколения получают большой массив последовательностей олигонуклеотидов, из которого сложно выбрать лидирующие аптамеры. Математический анализ или HT-SELEX позволяют нам идентифицировать семейства аптамеров и оценить «ландшафт приспособленности». Это позволяет вам выбрать наиболее перспективные последовательности для их дальнейшей оптимизации и валидации.
ЭТАПЫ МАТЕМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА
1
Контроль качества результатов секвенирования: удаление ридов, не соответствующих заданному критерию качества (Q20 или Q30).
2
Выбор цепей, соответствующих каждому специфическому индексу (при использовании мультиплексирования), и фильтрация аптамеров по длине цепи (отбор слов, размер которых близок к размеру слов исходной библиотеки).
3
Удаление константных областей аптамера (праймеров) для выделения переменной части и подсчета числа копий каждого аптамера в пуле.
4
Кластеризация аптамеров в пуле и выделение наиболее репрезентативных кластеров с использованием расстояния Хэмминга, локального расстояния Хэмминга или веса оптимального локального выравнивания в качестве меры близости.
5
Анализ обогащения кластеров при переходе от предыдущего раунда отбора к следующему (в случае секвенирования пулов нескольких раундов) и отбор кандидатных аптамеров.
6
Поиск ДНК-подслов каждого кандидатного аптамера, наиболее вероятно участвующих в образовании комплекса аптамер-мишень.
7
Расчет вероятности наличия G-квадруплексов в 3D-структуре кандидатных аптамеров
МЫ ИСПОЛЬЗУЕМ ИННОВАЦИОННЫЕ ТЕХНОЛОГИИ
APTABID
AptaBiD позволяет нам выделять белки, связывающиеся со специфическими аптамерами. С помощью этого метода становится возможным определить прямую мишень аптамера.
TISSUE SELEX
Метод отбора аптамеров, способных связываться с тканевыми мишенями
CELL SELEX
Эта технология предполагает отбор аптамеров для целых клеток. Это позволяет получить аптамеры, способные связываться с мишенью в ее нативной конформации.
LIGS
Метод позволяет выявлять высокоселективные аптамеры против заранее определённого эпитопа, экспрессируемого на поверхности клетки. Моноклональное антитело взаимодействует со своим когнатным эпитопом, вытесняя и замещая специфичные аптамеры из обогащённого пула SELEX.
SAXS
Этот метод используется для определения различий в наномасштабной плотности образца. Это позволяет определить размер и форму макромолекулы.
HT SELEX
HT SELEX — метод, повышающий чувствительность по сравнению с традиционными методами клонирования и секвенирования и сокращающий число раундов, необходимых для достижения обнаруживаемого обогащения.
ЧТО ВЫ ПОЛУЧИТЕ
УЧЁНЫЕ, УЧАСТВУЮЩИЕ В ИССЛЕДОВАНИИ
ДМИТРИЙ ВЕПРИНЦЕВ
АННА БЛАГОДАТОВА
ОЛЬГА КОЛОВСКАЯ
ГАЛИНА ЗАМАЙ
ЗАКАЗАТЬ МАТЕМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
УСЛУГИ
-
 
«Деятельность осуществляется при грантовой поддержке Фонда «Сколково»
