Мы решаем медицинские задачи с помощью работающих аптамеров
Отбор аптамеров, характеризация, моделирование 3D-структуры и идентификация мишени
ДИЗАЙН И 3D-СТРУКТУРА АПТАМЕРОВ
Выполним определение третичной структуры и молекулярный дизайн ваших аптамеров — просто нажмите кнопку
Когда требуется определение третичной структуры и молекулярный дизайн аптамеров
ЕСЛИ ВАМ НУЖНО ОПРЕДЕЛИТЬ НАТИВНУЮ КОНФОРМАЦИЮ АПТАМЕРА В РАСТВОРЕ
Мы сочетаем методы компьютерного моделирования, такие как молекулярная динамика (MD) и квантово-химические расчеты, с экспериментом по малоугловому рентгеновскому рассеянию (SAXS), чтобы определить структуру аптамера в растворе. Разработанный подход позволяет нам выбрать наиболее вероятную вторичную структуру аптамера из множества вариантов, предлагаемых фолдинговыми серверами, и получить конформацию аптамера с учетом температуры раствора, ионного состава и других условий. Мы используем компьютерное моделирование для определения нуклеотидов, ответственных за стабильность конформации аптамера.
ЕСЛИ ВАМ НУЖНА КОМПЬЮТЕРНАЯ МОДЕЛЬ МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТРУКТУРЫ
Компьютерный молекулярный дизайн широко используется для визуализации сложного пространственного строения с помощью трехмерных (3D) молекулярных моделей. 3D-модели аптамеров применяются для направленного дизайна аптамеров с целью повышения их специфичности и сродства, предсказания сайтов связывания и объяснения механизмов взаимодействия с мишенью.
ЭТАПЫ МОЛЕКУЛЯРНОГО ДИЗАЙНА
1
Мы определяем наиболее вероятную пространственную структуру аптамера в буферном растворе методом малоуглового рентгеновского рассеяния (SAXS).
2
Мы обрабатываем данные эксперимента SAXS, рассчитываем структурные параметры, оцениваем молекулярный вес молекулы в растворе и строим трехмерную электронную плотность молекулы из псевдоатомов.
3
На основе последовательности аптамера выполняем компьютерный молекулярный дизайн, направленный на получение вариантов вторичной структуры и соответствующих трехмерных моделей.
4
Выполняем моделирование молекулярной динамики (MD) пространственных структур для предсказания нативной конформации аптамера в растворе. Сравниваем данные MD и SAXS, чтобы выяснить, какая модель лучше соответствует экспериментальным результатам.
ДЕТАЛИЗАЦИЯ ЭТАПОВ
Этапы с использованием SAXS
Этапы без использования SAXS
МЫ ИСПОЛЬЗУЕМ ИННОВАЦИОННЫЕ ТЕХНОЛОГИИ
APTABID
AptaBiD позволяет нам выделять белки, связывающиеся со специфическими аптамерами. С помощью этого метода становится возможным определить прямую мишень аптамера.
TISSUE SELEX
Метод отбора аптамеров, способных связываться с тканевыми мишенями
CELL SELEX
Эта технология предполагает отбор аптамеров для целых клеток. Это позволяет получить аптамеры, способные связываться с мишенью в ее нативной конформации.
LIGS
Метод позволяет выявлять высокоселективные аптамеры против заранее определённого эпитопа, экспрессируемого на поверхности клетки. Моноклональное антитело взаимодействует со своим когнатным эпитопом, вытесняя и замещая специфичные аптамеры из обогащённого пула SELEX.
SAXS
Этот метод используется для определения различий в наномасштабной плотности образца. Это позволяет определить размер и форму макромолекулы.
HT SELEX
HT SELEX — метод, повышающий чувствительность по сравнению с традиционными методами клонирования и секвенирования и сокращающий число раундов, необходимых для достижения обнаруживаемого обогащения.
ЧТО ВЫ ПОЛУЧИТЕ
SCIENTISTS INVOLVED IN THE STUDY
ВЛАДИМИР ЗАБЛУДА
ПОЛИНА АРТЮШЕНКО
ИРИНА ЩУГОРЕВА
ЗАКАЗАТЬ МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ДИЗАЙН
УСЛУГИ
-
 
«Деятельность осуществляется при грантовой поддержке Фонда «Сколково»
